L'église prieurale de Saint Point raconte l'histoire du village

Le lac de Saint Point s'appellait autrefois Lay (lac) Dampvauthier ( saint Vauthier) du nom d'un ermite qui aurait vécu à l'endroit du village actuel de Saint-Point-Lac. Alors que l'abbaye du Mont-Sainte-Marie s'établit ente les deux lacs, un petit prieuré est établi à cet endroit. Le lac fait partie du bailliage de Pontarlier. Le défrichement se fait de la  volonté de la ville. 

Le prieuré de Lay Dampvauthier est actif en 1243. Une communauté villageoise s'est établie à coté. Ce prieuré dépend de l'abbaye de Romainmôtier qui des nombreuses possessions aux alentours. Dès 1316, le grand cellérier de l'abbaye qui est chargé du ravitaillement en oeufs et en fromage, est toujours prieur du prieuré. Petit à petit le tour du lac est defriché, la communauté du Lay Dampvauthier s'aggrandit. Le prieuré est la paroisse du lac.  Les moines partent en 1454. L'église revient comme prévu aux villageois et reste, bien que vicairie de Pontarlier elle reçoit tous les habitants du tour du lac pour leur procurer les sacrements de la religion. Les gens vont non seulement à la messe, mais c'est là que se trouve le notaire, qu'on se marie, qu'on est enterré et qu'on vend ses poules ou ses vaches.

En 1471, chaque communauté villageoise prend son nom et forme une commune : Chaon, Chaudron, le Vezenay, Malbuisson, les Granges du Lay. Petit à petit le village de Lay Dampvauthier va devenir Saint Poing, puis Saint Point. Le la devient le lac de Saint Poing puis de Saint Point. Une guerre terrible va avoir lieu en 1475 avec l'invasion des Suisses, payés par Lois XI. Saint Point est protégé par son prévot, le seigneur de Joux. Le choeur de l'église raconte, comme une bande dessinée le mariage de la fille de Philippe de Hochberg alors que ce dernier vient de décéder.

La guerre de dix ans n'épargne pas le village, alors que de Grûn est gouverneur du château de Joux.

Le XVIIIème siècle est celui des horlogers autours du lac. A la Révolution, le village devient port du lac.

Le village perd des habitants et de l'importance au XIXiéme siècle.